Smalininkų uostas buvo greta ilgaamžės valstybinės sienos, nuo čia Nemunu žemyn tęsėsi per šimtmečius sureguliuotas laivybos kelias. Todėl tai buvo valstybinės reikšmės transporto įrenginys. Tik XX a. pradžioje planuotas dar vienas papildomas žiemos uostas netolimuose Baltupėnuose, nes daugybė laivų Smalininkų uoste nebetilpo.
Smalininkų žiemos uostą nuo ledonešių saugojo didžiulis (apie 150 m. ilgio ir dar per 10 m. aukščio) pylimas, sutvirtintas dideliais akmenimis. Prie šio pylimo laivybos sezono metu buvo švartuojami laivai bei sieliai. Šis pylimas nuo ledonešių saugojo ir Smalininkų pakrantės sodybas. Smalininkai tai pat buvo žinomas laivų statybos centras. Pavyzdžiui, 1896 m. ten pastatytas medinis kuršlaivis (vok. Kurischine Reiseekahn) “Caroline (2)”. Tai 25,24 m. ilgio ir 6,24 m. pločio burlaivis, galėjęs gabenti 143 tonas krovinių. Jo savininkas ir kapitonas buvo smalininkietis Julius Danat (Danaitis). 1908 m. šis laivas registruotas Klaipėdoje. 1890 m. Smalininkuose pastatytas medinis kuršlaivis ”Maria-Louse. Tai 27,89 m ilgio ir 6,50 m pločio burlaivis, galėjęs gabenti iki 156 tonų krovinio. Jo savininkas 1890-1919 m. buvo smalininkietis Friedrich Krause. 1919 m. šis laivas registruotas Klaipėdoje. 1889 m. (ar 1896 m. Smalininkuose pastatytas dvistiebis medinis burlaivis “Martha (2)”. Jo ilgis 25,99 m. plotis 5,67 m., gabendavo iki 138 tonų krovinių, registruotas Rusnėje [16]. Smalininkuose gyveno daug laivininkų. Antai laivininkas Heinrich Matzat (Macaitis) 1902-1912 m. buvo tristiebio burlaivio “Paul” savininkas. Šis laivas gabendavo iki 192 tonų krovinių.
Nuo seno laivai iš Smalininkų plaukdavo ne vien į Karaliačių, bet ir toliau (Aistmarėmis, kanalais, upėmis bei Baltijos jūros pakrantėmis) į Vakarų Europą. Tad Smalininkų uostas buvo ir Baltijos jūros baseino uostas, tarptautinės laivininkystės punktas. Ne vien pačiuose Smalininkuose, bet ir gretimuose kaimuose veikė laivų ir valčių statyklos. Čia pastatyti laivai bei valtys vėliau plaukiodavo įvairiuose vandenyse, tapdavo įvairių savininkų nuosavybe. Tad Smalininkai buvo ir vienas iš tradicinės vandens kultūros centrų, juose klostėsi jūrinio paveldo objektai. 1907-1910 m. Nemunu bei Jūros upe kasmet plukdyta po 1 655 000 kietmetrių apvalios medienos (rąstų) bei po 239 000 kietmetrių tašų, lentų bei pabėgių. Didžioji to medienos srauto dalis (išskyrus plukdomą Jūros upe) keliaudavo pro Smalininkus, ten ji kontroliuota ir apmuitinta. Laivybos aptarnavimas – svarbi verslo šaka, su tuo buvo susiję daug smalininkiečių.
1803 m. Prūsija ir Rusija nutarė ištirti ir sureguliuoti bendrą Nemuno ruožą. Buvo ištyrinėta upė ir nustatytos tvarkytinos bei tinkamos matavimams vietos. 1810 m. vasario 13 d. Prūsijos karaliaus vardu išleista vandens matavimo stočių įrengimo instrukcija. 1810 m. Prūsija Nemuno žemupyje įrengė penkias, 1811 m. dar tris vandens matavimo stotis (toliau VMS), iš kurių vieną – Smalininkuose. Jos įsteigimo data 1811 m. spalio 1 d. VMS buvo prižiūrima muitinės darbuotojų. Pirmąjį matavimą atliko muitinės kontrolierius Buttrimus. Įvairiame aukštyje buvo įrengtos trys matuoklės, kurių žemiausia buvo pritvirtinta prie didelio akmens Nemuno upėje, antra – Šventosios upelio žiotyse, trečia – prie muitinės pastato. Matuoklės buvo sužymėtos coliais, stebėjimai buvo atliekami vieną kartą per parą, metams pasibaigus buvo braižomi vandens lygio svyravimo grafikai.
1871 m. lapkričio 16 d. matuoklės buvo pakeistos. Parinktas ir naujas reperis (ženklas, žymintis taško aukštį nuo lygio paviršiaus) – prie viešbučio „Deutches Haus“ mūrinio cokolio. 1881 m. buvo įrengtas papildomas reperis – vinis įkalta prie gretimo viešbučio „Russiches Haus“ mūrinio sandėlio. 1872 m. įvesti matavimai metriniais matais. 1886–1888 metais pastatytas Smalininkų uostas, 400 m ilgio pylimas. Gilinant uostą ir Šventosios upelio vagą nukreipus rytų pusėn, akmuo atsidūrė kitoje vietoje, toliau nuo kranto. Šventosios šlaite, buvusios matuoklės vietoje, įrengti kapitaliniai akmeniniai laiptai su keturiais mūriniais sparnais, kurių sienelėse pritvirtintos matuoklės. Labai aukštiems lygiams buvo įrengtos dar dvi matuoklės, pritvirtintos prie muitinės pastato. Pirmojo pasaulinio karo metais dėl karo veiksmų pusę metų matavimai buvo nutraukti, vėliau duomenys atstatyti pagal Tilžės VMS duomenis. 1923 m., Klaipėdos kraštą prijungus prie Lietuvos, VMS priskirta Plentų ir vandens kelių valdybos Vandens kelių tarnybai. 1924–1926 metais buvo pastatytas bokštelis. Nuo 1925 m. stebėjimai buvo vykdomi tris kartus per parą – 7, 13 ir 19 valandomis. 1928 m. laiptai su matuoklėmis buvo restauruoti, medinės matuoklės buvo pakeistos geležinėmis, emaliuotomis. Smalininkų VMS – vienintelė senoji stotis, kurios visi duomenys išliko. Iki 1830 m. autentiški stebėjimų duomenys saugomi Berlyne, nuo 1830 m. – Lietuvoje. Pro Smalininkus prateka vandenys, surinkti nuo 71,5 proc. šalies teritorijos. Vidutinis daugiametis debitas 540 m3/s, didžiausias debitas buvo 1829 m. balandžio 12 d. – 6580 m3 /s, mažiausias – 151 m3/s – 1964 liepos 21 d. Daugiametė vandens lygio amplitudė 765 cm. 2004 m. buvo baigtas Smalininkų vandens matavimo stoties kapitalinis remontas. 2006 m. spalio 25 d. Smalininkų uosto statinių kompleksas įrašytas į kultūros vertybių registrą, pabrėžiant jo istorinę, inžinerinę bei kraštovaizdžio vertę. Vienai iš komplekso sudėtinių statinio dalių – Vandens matavimo stočiai 2008 m. vasario 13 d. LR Vyriausybės nutarimu Nr. 155 suteiktas nacionalinis reikšmingumo lygmuo.
